В Nota есть две опции при создании нового файла: сохранять в инбоксе, либо выбирать каждый раз место назначения.
Но выбирать каждый раз неудобно, особенно если работаешь в одной папке. Лучше бы сделать ещё одну опцию — сохранять в той же папке, как есть в Obsidian.